Der Schweizerische Nationalfonds ist für Forschende der Universität Bern mit 103,9 Mio. Franken (Jahresbericht 2017, S. 51) der wichtigste Drittmittel-Geldgeber. Ein Überblick aller bewilligter Projekte, eingeteilt nach Forschungsgebiet und Förderungsinstrument, ist auf der SNF Webseite verfügbar.

Die Universität Bern beherbergt 5 "Nationale Forschungsschwerpunkte" (NFS) und ist an mehreren "Nationalen Forschungsprogramme" (NFP) beteiligt (Stand März 2017).